كلوريد البنزالكونيوم هو عامل نشط سطحياً كاتيوني. يُستخدم في صباغة النسيج، ومنعمات الأقمشة، والعوامل المضادة للكهرباء الساكنة، والمستحلبات والمرطبات. يعمل كمنظف كاتيوني. كما يستخدم كمادة حافظة في المنتجات الصيدلانية مثل قطرات العين والأذن والأنف والبخاخات. بالإضافة إلى ذلك، فهو مكون نشط في منتجات العناية الشخصية مثل مطهرات اليد، والشامبو، ومزيلات العرق، والمناديل المبللة. يستخدم أيضاً في الأبحاث لدراسة تأثيره على خلايا الظهارة الملتحمة في المختبر، ولتحليل تأثيره على قرنية الأرانب الحية باستخدام مجهر المسح التكراري المترابط. يمكن استخدامه كعامل نشط سطحياً كاتيوني في تفاعلات البلمرة الكيميائية، وكعامل نقل طوري لتحديد كمية الكبريتيد في عينات الدم الكاملة باستخدام تقنية الألكلة الاستخلاصية مع مطياف الكتلة الغازي. يُظهر خصائص مضادة للميكروبات ويستخدم على نطاق واسع في مختلف الصناعات.