أزرق الميثيلين هو صبغة تستخدم في العديد من إجراءات التلوين المختلفة، مثل صبغة رايت وصبغة جينر. نظرًا لأنه تقنية تلوين مؤقتة، يمكن أيضًا استخدام أزرق الميثيلين لفحص الحمض النووي الريبي أو الحمض النووي تحت المجهر أو في الهلام. يعتبر أزرق الميثيلين صبغة نسيجية أساسية. يتم استخدامه كصبغة في إجراءات التلوين المختلفة مثل صبغة رايت وصبغة جينر. كما يعمل كمؤشر ودواء. بالإضافة إلى ذلك، يتم استخدامه لفحص الحمض النووي الريبي والحمض النووي تحت المجهر أو في الهلام. وهو يستخدم على نطاق واسع كمؤشر أكسدة واختزال في الكيمياء التحليلية. يعمل كمحسس ضوئي يستخدم لتوليد الأكسجين الأحادي من أجل صنع بيروكسيدات عضوية عن طريق تفاعل ديلز-ألدر. كما يستخدم في تحليل الكبريتيد. يلعب دورًا مهمًا في تربية الأحياء المائية لعلاج الالتهابات الفطرية.