يستخدم كلوريد 3-نيتروبنزين سلفونيل ككيميائي حيوي في أبحاث البروتيوميات. كما يُستخدم في تحضير: نظائر أسيل-2-أمينوبنزيميدازول و6-كلورو-2-ميثيل-3-{1-[(3-نيتروفينيل)سلفونيل]-1H-بيرازول-3-يل}إيميدازو[1,2-أ]بيريدين. وهو مسحوق بلوري ذو لون بيج فاتح إلى أصفر، ويُستخدم بشكل شائع في التطبيقات الكيميائية والكيميائية الحيوية المتنوعة.