2-كلورو-4،6-ثنائي ميثوكسي-1،3،5-تريازين هو عامل اقتران ببتيدي يُستخدم في تنقية الببتيدات. يتم استخدامه في تخليق 4-(4،6-ثنائي ميثوكسي-1،3،5-تريازين-2-يل)-4-ميثيل مورفولينيوم كلوريد عبر الاقتران مع N-ميثيل مورفولين في رباعي هيدرو الفوران. كما يلعب دورًا مهمًا في إنتاج ثنائي(4،6-ثنائي ميثوكسي-1،3،5-تريازين-2-يل) إيثر، من خلال التفاعل مع 2-هيدروكسي-4،6-ثنائي ميثوكسي-1،3،5-تريازين. بالإضافة إلى ذلك، فهو متورط في تحضير أملاح 2-(4،6-ثنائي ميثوكسي-1،3،5-تريازينيل) ثلاثي ألكيل أمونيوم عبر التفاعل مع أمينات ثلاثية مختلفة. هذا المركب مستقر ولكنه شديد التفاعل، ويُستخدم على نطاق واسع في الصناعات الدوائية والبحوث الكيميائية.