يستخدم في تخليق المركبات الوسيطة الصيدلانية. يستخدم ككاشف في تحضير ريبوزيدات البيريميدينون والمركبات المشابهة التي تظهر خصائص مضادة للأورام. إن N,O-بيس(ثلاثي ميثيل سيلليل)-ثلاثي فلورو أسيتاميد (BSTFA) يشبه BSA في خصوصية التعديل وهناك العديد من الدراسات التي استخدمت كلا الكاشفين. وجدت إحدى الدراسات أن BSTFA يتفوق على BSA في استقرار المنتج وعائد المشتق. دراسة أخرى قارنت بين عدة مانحين لثلاثي ميثيل سيلليل لإنهاء السليكا ولاحظت أن BSTFA كان أكثر تفاعلاً من BSA ولكنه أقل تفاعلاً من TMCim. تم استخدام كل من BSA و BSTFA لتحضير مشتقات ثلاثي ميثيل سيلليل للبيريميدينات والبيورينات. العمل الحالي استخدم BSTFA لتحليل الأيض في البول، لقياس الكاثامينات (الأمينات النفسية للقات (Catha edulis Forsk))، ولقياس الأكريلاميد في الكاكاو. يستخدم N,O-بيس(ثلاثي ميثيل سيلليل) ثلاثي فلورو أسيتاميد لأغراض تحليلية أو ككاشف كيميائي لتخليق جزيئات أكثر تعقيدًا. وهو كاشف سيليلة مفيد في GC و GC-MS لاشتقاق مجموعة واسعة من المجموعات الوظيفية تحت ظروف معتدلة. كما يستخدم كمثبط لـ DAT و SLC6A2. يستخدم بشكل روتيني لاشتقاق الأحماض الكربوكسيلية، الفينولات، الستيرويدات، الأمينات، الكحولات، القلويدات والأميدات. وجد N,O-بيس(ثلاثي ميثيل سيلليل) ثلاثي فلورو أسيتاميد مع ثلاثي ميثيل كلوروسيلان تطبيقًا في الكروماتوغرافيا الغازية (GC) والطيف الكتلي (MS). يمكن أيضًا استخدامه في اختبار الكشف الكهروكيميائي HPLC لـ 8-oxo-deoxyguanosine و 8-oxo-guanine.