غوانيدين هيدروكلوريد هو قاعدة عضوية قوية توجد بشكل رئيسي كأيونات غوانيديوم عند درجة الحموضة الفسيولوجية. يوجد في البول كمنتج طبيعي لعملية التمثيل الغذائي للبروتين. يستخدم أيضًا في الأبحاث المخبرية كمادة مزيلة للطبيعة البروتينية، وفي علاج الوهن العضلي، وككاشف فلوري في كروماتوغرافيا السائل عالي الأداء. يعمل كمادة وسيطة في تحضير السلفاديازين، وهو مادة خام مهمة لصنع السلفاميثيلديازين والسلفاميثازين وحمض الفوليك. يستخدم على نطاق واسع في تنقية البروتينات والأحماض النووية، وفي عزل الحمض النووي الريبي لتفكيك النيوكليوبروتينات وتثبيط إنزيم RNase.