يستخدم بيركبريتات الأمونيوم للكشف عن المنغنيز والحديد وتحديدهما. وهو عامل تبيض لنشا الطعام المستخدم بنسبة تصل إلى 0.075٪ مع ثاني أكسيد الكبريت حتى 0.05٪. يمكن استخدامه ككواشف تحليلية، وعامل تثبيت فوتوغرافي، وعامل اختزال. كما يُستخدم كمادة حافظة للأغذية، وعامل مؤكسد، ومبادر للبوليمرات عالية الجزيئات. في الصناعة الكيميائية، يُستخدم كمادة خام لإنتاج بيركبريتات وبيروكسيد الهيدروجين، وكمانع لتجمع البوليمرات العضوية، ومبادر أثناء بلمرة مونومر كلوريد الفينيل. في صناعة الدهون والصابون، يعمل كعامل تبيض. كما يُستخدم كعامل تآكل في قطع معادن الألواح واستخراج النفط. في التطبيقات الغذائية، يُستخدم كمعدل للقمح وخميرة البيرة. وهو معتمد كمعدل للدقيق (بحد أقصى 0.3 جم/كجم حسب المعيار الياباني 1999) وكعامل مضاد للفطريات لخميرة السكارومايسس سيريفيسيا (بحد أقصى 0.1٪ حسب منظمة الفاو/منظمة الصحة العالمية 1984).