أليزارين-3-ميثيل إيمينودي خلات هو صبغة قياس لوني للكشف عن أيونات الفلوريد. يتفاعل مع الفلوريد لتشكيل معقد أزرق بنفسجي يمكن قياسه لونيًا عند 620 نانومتر لتحديد تركيز الفلوريد. يستخدم هذا المركب في تصوير ترسب الفلوريد وتكلس العظام أثناء التطور في يرقات سمك الميداكا. كما أنه مثبط لأنزيم أكسيد النيتريك القابل للحث (iNOS؛ IC50 = 35 نانومولار). يستخدم أليزارين كومبلكسون لتحديد الفلور والأنيونات الأخرى. وهو أيضًا مثبط قوي لتفاعلات البروتين-الحمض النووي. يستخدم أليزارين-3-ميثيل إيمينودي خلات في: تلوين مصفوفة العظام المتكلسة حيويًا، ووضع علامة مزدوجة على العظام لقياس تشكل العظام الديناميكي في منتصف عظم الفخذ في الجرذان، وكعلامة في قياس تشكل عظم الظنبوب للإشارة إلى تكوين عظم جديد في الجرذان. يعتبر الأليزارين المكون الرئيسي لأصباغ مادة المادير المعروفة لدى الرسامين باسم روز مادير وأليزارين قرمزي. من الاستخدامات البارزة للأليزارين في العصر الحديث كعامل تلوين في الأبحاث البيولوجية حيث يصبغ الكالسيوم الحر وبعض مركبات الكالسيوم بلون أحمر أو بنفسجي فاتح. يستخدم الأحمر الأليزارين في اختبار كيميائي حيوي لتحديد ترسب الكالسيوم بواسطة خلايا سلالة عظمية كميًا عن طريق القياس اللوني. يستخدم أليزارين-3-ميثيل إيمينودي خلات في الكشف اللوني عن الفلور. وهو صبغة تستخدم لتلوين العظام المتكلسة في العينات المحفوظة من الفقاريات.