أتوفاكوون هو عامل مضاد للأوليات يعطى عن طريق الفم، ويُستخدم لعلاج الالتهاب الرئوي المتسبب به المتكيسة الرئوية الجؤجؤية المرتبط بالإيدز من الدرجة الخفيفة إلى المتوسطة لدى المرضى الذين لا يتحملون العلاج الأولي المتمثل في تريميثوبريم-سلفاميثوكسازول. كما أنه قيد البحث كعلاج للملاريا وداء المقوسات المرتبط بالإيدز. يعمل أتوفاكوون على تثبيط مركب السيتوكروم bc(1) من خلال التفاعل مع بروتين الحديد-الكبريت ريسك والسيتوكروم b في جيب أكسدة اليوبيكوينول. بالإضافة إلى استخدامه في علاج داء المقوسات، يتمتع أتوفاكوون بخصائص مضادة للملاريا ويمنع الالتهاب الرئوي المتكيس بعد زراعة الكلى. ينتمي أتوفاكوون إلى فئة النفثوكينونات ذات النشاط واسع الطيف ضد العدوى الطفيلية بما في ذلك الملاريا وداء المقوسات والالتهاب الرئوي المتكيس. وهو مركب قوي مضاد للأوليات يساعد في انهيار جهد الغشاء الميتوكوندري في طفيلي الملاريا.