يستخدم 2،3،4،5،6-بنتافلوروأنيلين في تحضير بنتافلوروفينيل أمونيوم تريفلات، وهو محفز فعال لعملية الأسترة والثيوأسترة. كما يستخدم في تخليق معقدات التيتانيوم المختلفة التي تحتوي على رابطتين ثنائيتين سالبتين [N، O-] من نوع ساليسيلالديميناتو. يشكل 2،3،4،5،6-بنتافلوروأنيلين معقدات دوائية معدنية مثل cis-Pt-(2،3،4،5،6-بنتافلوروأنيلين)2-Br2 والتي تم اختبارها ضد الأشكال البروماستيجوتية من الليشمانيا الدونوفانية. 2،3،4،5،6-بنتافلوروأنيلين هو مادة صلبة بلورية بيضاء إلى وردية منخفضة الانصهار تشكل معقدات دوائية معدنية وتستخدم في تحضير مركبات كيميائية ومحفزات مختلفة.