ثرومبين هو البروتياز النهائي للتخثر فيما يتعلق بالإرقاء، حيث يعزز كل من التأثيرات المسببة للتخثر والمضادة للتخثر. يُعرف ثرومبين أيضًا باسم عامل التخثر IIa. وهو إنزيم إندوبيبتيداز سيرين يحلل روابط الببتيد والإستر تحديدًا على الجانب الكربوكسيلي للأرجينين. يحول هذا الإنزيم الفيبرينوجين إلى فيبرين. ثرومبين هو الإنزيم الأخير في شلال التخثر الذي يعمل على شطر الفيبرينوجين إلى فيبرين ويعزز عملية التخثر من خلال تنشيط العوامل V و VIII و XI و XIII. على العكس من ذلك، يساعد ثرومبين في عملية مضاد التخثر عن طريق تنشيط البروتين C. البروتين C المنشط يثبط العوامل المنشطة V و VIII مما يؤدي في النهاية إلى تقليل إنتاج المزيد من الثرومبين. غالبًا ما يستخدم الثرومبين كمُنشط قوي للصفائح الدموية في المختبر. يتم التوسط في استجابات الصفائح الدموية للثرومبين من خلال مستقبلات البروتياز المنشطة (PARs). ينظم إشارات الثرومبين مجموعة متنوعة من العمليات الأيضية بما في ذلك تنشيط الفوسفوليبازات في الصفائح الدموية والخلايا البطانية وخلايا عضلة القلب. يستخدم ثرومبين في الانقسام المحدد للموقع للبروتينات الاندماجية المؤتلفة التي تحتوي على موقع تعرف للثرومبين لإزالة علامات التقارب. تم استخدام الثرومبين في دراسة لتقييم خصائص الإرقاء في المختبر للبلازما الفرنسية المجففة بالتجميد.