زاناميفير هيدرات هو مثبط قوي ومحدد لنيورامينيداز (أو سياليداز)، وهو إنزيم غليكوهيدرولاز سطحي فيروسي أساسي لتكاثر الفيروس وتطور المرض عن طريق تحفيز انشقاق بقايا حمض السياليك الطرفية من البروتين السكري. وهو نظير لحمض السياليك يحتوي على مجموعة غوانيدينو في الموضع 4 بدلاً من مجموعة هيدروكسيل، مما يسمح له بتكوين جسر ملحي مع الغوانيدين وغلوتامات-119 وتفاعل نقل شحنة مع غلوتامات-227. تزيد هذه التفاعلات من قوة الارتباط بالإنزيم، مما يجعله مثبطًا تنافسيًا ممتازًا وعاملًا مضادًا للفيروسات فعالًا ضد فيروسات الإنفلونزا من النوعين A و B.