غرانزيم B هو عديد ببتيد مكون من 247 حمضًا أمينيًا، يحتوي على تسلسل قيادي يتم قطعه بواسطة ببتيداز الإشارة وبرودومين من حمضين أمينيين يتم قطعه بواسطة إنزيم البروتياز السيستئيني الليزوزومي DPPI. يتم التعبير عن غرانزيم B المؤتلف في Pichia pastoris بالشكل الناضج ويظهر على SDS-PAGE كثلاثي (~34، 32، و30 كيلو دالتون) بسبب ثلاث جليكوزيلات مختلفة. يلعب غرانزيم B دورًا حاسمًا في الجهاز المناعي.