يستخدم كلوريد البوتيريل كوسيط لتصنيع المكونات الصيدلانية النشطة مثل بيروكسيد البنزويل، وثالثي بوتيل بيربنزوات، والبنزوفينون. كما يستخدم ككاشف أسيل. بالإضافة إلى ذلك، يُستخدم في تحضير البيروكسيدات مثل بيروكسيد البنزويل، والبنزوفينون، وثالثي بوتيل بيربنزوات. كما أنه يدخل في تحضير الكرومونات والعوامل المضادة للتكاثر.