كارنيتين أسيتيل ترانسفيراز هو إنزيم ميتوكوندريالي ضروري لاستهلاك الوقود. يوجد في المصفوفة الميتوكوندريالية والبريكسيسوم. يشارك في أيض الأحماض الدهنية. يسهل تحويل أسيتيل-كوأ وكارنيتين إلى أسيتيل كارنيتين وكوأ على التوالي. هذا التحويل يسهل أكسدة البيروكسيسومال بيتا عن طريق استيراد مجموعة الأسيتيل للأكسدة الميتوكوندريالية.