البيريميدين هو جزيء عضوي غير متجانس الحلقة موجود في العديد من المركبات الصيدلانية والمشتقة طبيعياً. يستخدم كحجر أساس في التخليق الكيميائي لاكتشاف الأدوية المضادة للفيروسات مثل فيروس نقص المناعة البشرية والهربس البسيط. كما يستخدم في تخليق مثبطات قوية لإنزيم 15-ليبوكسيجيناز لتقليل إفراز الليوكوترينات. تشكل مشتقاته (السيتوزين، اليوراسيل، والثايمين) مكونات أساسية للأحماض النووية. يدخل البيريميدين في صناعة العديد من الأدوية مثل السلفاديازين والترايميثوبريم و6-ميركابتوبيورين، وكذلك في إنتاج المبيدات الحشرية والأصباغ.