4،6-ثنائي كلورو البيريميدين (رقم CAS 1193-21-1) هو مركب مفيد في التخليق العضوي. تم استخدامه في تخليق أزاكاليكس[4]بيريميدينات البديلة N. كما تم استخدامه ككاشف بدء لتخليق بيريميدينات ثنائية الاستبدال عبر عملية أمينية متتابعة وتقاطع سوزوكي-ميورا. بالإضافة إلى ذلك، تم استخدامه في تخليق البيريميدينات ثنائية الأريل التي تتضمن تقاطع ثنائي الأريل. تُظهر الفولتامتريات الدورية لـ 4،6-ثنائي كلورو البيريميدين ثلاث موجات كاثودية، ناتجة عن الانقسام المتسلسل لروابط الكربون-الكلور بالإضافة إلى اختزال حلقة البيريميدين.