سيدوفوفير هو نظير نوكليوتيد أحادي الفوسفات، لا يحتاج إلى فسفرة بواسطة كيناز الثيميدين الفيروسي ليعمل، وبالتالي له نشاط ضد عدوى فيروس الهربس البسيط مع نقص أو تغير في نشاط كيناز الثيميدين. يتم تحويله بسرعة إلى شكله النشط، ثنائي فوسفات سيدوفوفير، الذي يثبط بوليميراز الحمض النووي الفيروسي بتركيزات أقل بكثير من تلك المطلوبة لبوليميراز الحمض النووي البشري. وهو مثبط تنافسي لدمج dCTP ويمكن دمجه في خيط الحمض النووي الفيروسي النامي، مما يتسبب في إنهاء سلسلة الحمض النووي. يتمتع سيدوفوفير بمؤشر علاجي مرتفع ضد الفيروس المضخم للخلايا (CMV) وتمت الموافقة عليه لعلاج التهاب الشبكية الناجم عن الفيروس المضخم للخلايا لدى مرضى الإيدز.