5-ميثوكسي-2-مركابتوبنزيميدازول مركب عضوي يستخدم في تحضير مثبطات COX-2. كما يستخدم في تحضير مركبات مثل 5-ميثوكسي-2-[[(4-ميثوكسي-3،5-ثنائي ميثيل-2-بيريدينيل)ميثيل]سلفونيل]-1H-بنزيميدازول و5-ميثوكسي-2-[[(4-ميثوكسي-3،5-ثنائي ميثيل بيريدين-2-يل-1-أوكسيد)ميثيل]سلفونيل]-1H-بنزيميدازول. بالإضافة إلى ذلك، يعمل كوحدة بناء هتروسيكلية وكوسيط في تصنيع دواء أوميبرازول. يستخدم أيضًا في تحضير مركبات تلوث موجودة في أوميبرازول وفي تصنيع مركبات النحاس(I) المعقدة. يوفر معايير ثانوية صيدلانية لمراقبة الجودة.