1،3-ثنائي كلوروإيزوكينولين مركب عضوي يحتوي على ذرة كلور مرتبطة بالموضعين الأول والثالث من حلقة الإيزوكينولين. يستخدم كوسيط رئيسي في تخليق العديد من المركبات العضوية والأدوية نظرًا لخصائصه الكيميائية الفريدة وتفاعليته. يُستخدم في التخليق الصيدلاني كوسيط رئيسي لتحضير مشتقات 1،3،4-ثلاثية الاستبدال من الإيزوكينولين، والتي تُعد مهمة في تطوير الأدوية ذات التطبيقات العلاجية المحتملة. كما يُستخدم في الكيمياء العضوية كوحدة بناء متعددة الاستخدامات لتخليق الجزيئات العضوية المعقدة، حيث يمكنه الخضوع لتفاعلات كيميائية متنوعة مثل الاستبدال النكليوفيلي والاقتران المتقاطع.