بي دي 98059 هو مثبط غير تنافسي لمسار MAPK. يمنع تنشيط MEK بواسطة Raf أو كيناز MEK (MAP3K) بقيمة IC50 تتراوح بين 2-7 ميكرومولار ولكنه لا يثبط MAP2K1 المنشط بواسطة Raf. كما يثبط تنشيط MAP2K2 بواسطة Raf بقيمة IC50 تبلغ 50 ميكرومولار. بالإضافة إلى ذلك، يقوم بي دي 98059 بفسفرة وتنشيط كيناز البروتين المنشط بالأدينوزين أحادي الفوسفات (AMPK) بطريقة تعتمد على الجرعة (EC50 = 35 ميكرومولار في خلايا HEK293). يزيد من نسب ADP إلى ATP و AMP إلى ATP ويزيد من فسفرة هدف AMPK أسيتيل-CoA كربوكسيلاز (ACC).