يستخدم 1،3-سيكلوهيكساديين كمانح للهيدروجين في نقل الهدرجة. وهو يستخدم في التحويل إلى البنزين. كما أنه مفيد في دراسة أبحاث البروتيوميات. يمكن أن يخضع 1،3-سيكلوهيكساديين لتفاعلات متعددة مثل: اقتران كربون-كربون مع الكحولات العطرية عبر نقل الهيدروجين الذاتي المحفز بالإيريديوم، ومع الألدهيدات عبر نقل الهدرجة بوساطة الأيزوبروبانول لتشكيل منتجات إضافة الكربونيل. كما يمكن أن يخلبلمرة أنيونية حية باستخدام نظام ن-بوتيل الليثيوم/تي إم إي دي إيه لتشكيل بولي سيكلوهيكساديين. بالإضافة إلى ذلك، يمكن أن يخضع لعملية سيليكوبوريشين المحفزة بالبلاتين لتشكيل (1R،4S)-1-(ثنائي ميثيل فينيل سيليل)-4-(4،4،5،5-تيتراميثيل-1،3،2-ديوكسابورولان-2-يل)-2-سيكلوهيكسين. كما يمكن أن يخضع لتفاعل ثنائي أسيتوكسيلايشن 1،4 المحفز بالبلاديوم في وجود الكوبالت تترا(هيدروكينون) بورفيرين كعامل نقل إلكتروني.