البيبسين هو إنزيم يتم إفرازه في الجهاز الهضمي للثدييات. يعمل على تحطيم البروتينات إلى ببتيدات أصغر يمكن امتصاصها بسهولة في الأمعاء الدقيقة. يتم تحضير مسحوق البيبسين من الغشاء المخاطي المعدي للخنازير أو الماشية أو الأغنام.