1،3-سيكلوهيكسانديون مركب عضوي يستخدم في التخليق العضوي والوسائط الصيدلانية. وهو وسيط في إنتاج مبيدات الأعشاب سولكوتريون ونيتروسولفونون، كما أنه وسيط في تخليق نيتيسينون. يستخدم كحجر بناء في تخليق مركبات مثل 9-بدائل 1،8-ديوكسو-زانثينات من خلال تفاعل تكثيف ألدول/إضافة مايكل مع ألدهيدات غير مفعلة. كما يستخدم في تحضير مشتقات [(1،2،3-تريازول-4-يل)ميثوكسي-فينيل]-2H-إندازولو[2،1-ب]فثالازين-تريون من خلال تفاعل تكثيف رباعي المكونات مع فثالهايدرازيد وألدهيدات عطرية بروبارجيلوكسي وأزيدات. بالإضافة إلى ذلك، يستخدم في تحضير مشتقات 2-بديلة التي تعتبر وسائط مهمة في تخليق مركبات مثل إينامينونات بيتا، مشتقات بوليهايدروكينولين، 1،8-ديوكسو-دوديكاهيدروزانثينات، سبيروسيكلوبنتانولات، أوكساسيولات، وتريكوينانات. يتميز هذا المركب بكونه مركب 1،3-ديكاربونيل متعدد الاستخدامات في التفاعلات متعددة المكونات.